Verlangend naar vrijheid en een betere toekomst voor hun kinderen, willen Thomas en Gundula ontsnappen aan het leven in een communistische dictatuur. Op een open plek in een bos bouwen Thomas en Gundula in het geheim zelf een klein vliegtuigje. Hun vluchtpoging wordt echter verraden. Na een mislukte vliegpoging worden de ouders gescheiden van hun kinderen gevangen gezet in de kelders van de Stasi, de Oost-Duitse geheime dienst. De twee kinderen worden apart van elkaar bij familie ondergebracht. Pas na twee jaar zien zij elkaar en hun ouders weer.

In Verboden vlucht van Hester Overmars vertellen de vier gezinsleden over hun herinneringen, en over de gevolgen van deze ingrijpende episode in hun leven. Hoe kijken de kinderen nu aan tegen de keuze die hun ouders destijds voor hen maakten? Deze documentaire laat zien hoe een totalitair systeem mensen tot waanzin kan drijven.