Tachtigduizend Joden leefden voor het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog in Amsterdam. 63 duizend van hen werden gedeporteerd, waarvan 48 duizend met behulp de tram. De kille systematiek waarmee het Amsterdamse Gemeentevervoerbedrijf (GVB) opereerde bleek cruciaal in die grootschalige en rappe deportatie, zo ontdekten de makers van Verdwenen stad.
Ook Anne Frank en haar familie werden na de inval in het Achterhuis per tram afgevoerd. De factuur van die tramrit heeft het GVB twee jaar na de bevrijding nog getracht te declareren.
Willy Lindwer, die in 1988 een Emmy won voor zijn documentaire De laatste zeven maanden van Anne Frank, spreekt in de documentaire met getuigen die behoren tot de allerlaatste generatie die als kind en jongvolwassenen de oorlog overleefden. Ze vertellen hun verhaal op de plek waar ze uit hun huis werden gehaald en op de tram werden gezet.